El origen de las Cofradías está en la Edad Media. Florecieron en las ciudades como resultado de la agrupación de gremios como plateros, carpinteros, libreros y muchas desembocaron en agrupaciones de carácter católico. Su principal misión era ayudar a las familias de los obreros que fallecían. En torno a ellas se fueron creando cofradías denominadas penitenciales, sacramentales y de gloria.
En Alcalá de Henares la más joven, la de Jesús el Despojado de sus vestiduras, se fundó en 2016 y la más antigua, la Cofradía complutense de la Soledad se remonta a 1508.
Cofradía del Santísimo Cristo Universitario de los Doctrinos y Nuestra Señora de la Esperanza
La cofradía fue fundada en 1660, y se mantuvo activa de forma continuada hasta 1808. Reorganizada en 1829 perduró hasta 1936, aunque durante largos períodos de su existencia tan sólo organizó procesiones de forma esporádica.
Cofradía del Santo Entierro y Nuestra Señora de los Dolores
En los primeros años del siglo XVII está documentada la existencia de una cofradía del Santo Sepulcro, primer precedente conocido de la actual.
Antigua, Ilustre y Fervorosa Hermandad y Cofradía de María Santísima de la Soledad Coronada y Sagrado Descendimiento de Nuestro Señor Jesucristo
Sin duda una de las más tradicionales advocaciones complutenses, aunque como muchas otras cofradías también desapareció y fue refundada en varias ocasiones.
Cofradía del Santísimo Cristo de la Agonía, María Santísima de los Dolores y San Juan
Se trata de una de las cofradías más antiguas de Alcalá puesto que ya existía a mediados del siglo XVII, siendo 1662 la fecha estimada de su fundación.
Cofradía Real e Ilustre Esclavitud de Nuestro Padre Jesús Nazareno de Medinaceli y María Santísima de la Trinidad
La fecha oficial de fundación de la cofradía es 1955, año en el que fue creada, como filial de la archicofradía madrileña, por un grupo de fieles pertenecientes a la Adoración Nocturna.
Venerable Hermandad y Cofradía de Nazarenos del Stmo Cristo Atado a la Columna y María Santísima de las Lágrimas y del Consuelo
Creada en 1988. No existen antecedentes históricos conocidos. Aunque entre 1921 y 1931 uno de los pasos de la procesión del Viernes Santo fue una Flagelación donada por un benefactor anónimo.
Cofradía del Santísimo Cristo de la Esperanza y el Trabajo y Nuestra Señora de la Misericordia
Constituida en 1995 sin antecedentes previos; aunque su imagen titular es antigua -probablemente del siglo XVIII-, no llegó a Alcalá hasta después de la Guerra Civil, procedente de un convento desaparecido de Calatayud.
Hermandad Sacramental del Santísimo Cristo de los Desamparados y María Santísima de las Angustias
Esta cofradía, fundada en 1606, fue durante siglos una de las más arraigadas en Alcalá. Aparece citada en las encuestas de 1770 y 1902, y entre 1917 y 1931 intervino en las procesiones de Semana Santa.
Hermandad y Cofradía de Ntro. Padre Jesús Resucitado y Ntra. Sra. de la Salud y el Perpetuo Socorro y San Diego de Alcalá
Su constitución como pro-hermandad tuvo lugar el 23 de abril de 2012, siendo aprobados sus estatutos el 19 de abril de 2013.
Hermandad de Jesús Despojado de sus Vestiduras, María Santísima de la Paz y Esperanza y San Juan Evangelista
El anuncio de su creación como pro-hermandad tuvo lugar el 5 de abril de 2014. El 23 de enero de 2016, coincidiendo con la bendición de su imagen titular, el obispo complutense comunicó la aprobación de sus estatutos, convirtiéndose en la décima cofradía penitencial de la ciudad.