El origen de las Cofradías está en la Edad Media. Florecieron en las ciudades como resultado de la agrupación de gremios como plateros, carpinteros, libreros y muchas desembocaron en agrupaciones de carácter católico. Su principal misión era ayudar a las familias de los obreros que fallecían. En torno a ellas se fueron creando cofradías denominadas penitenciales, sacramentales y de gloria.
En Alcalá de Henares la más joven, la de Jesús el Despojado de sus vestiduras, se fundó en 2016 y la más antigua, la Cofradía complutense de la Soledad se remonta a 1508.
Cofradía del Santísimo Cristo Universitario de los Doctrinos y Nuestra Señora de la Esperanza
Cofradía del Santo Entierro y Nuestra Señora de los Dolores
Antigua, Ilustre y Fervorosa Hermandad y Cofradía de María Santísima de la Soledad Coronada y Sagrado Descendimiento de Nuestro Señor Jesucristo
Cofradía del Santísimo Cristo de la Agonía, María Santísima de los Dolores y San Juan
Cofradía Real e Ilustre Esclavitud de Nuestro Padre Jesús Nazareno de Medinaceli y María Santísima de la Trinidad
Venerable Hermandad y Cofradía de Nazarenos del Stmo Cristo Atado a la Columna y María Santísima de las Lágrimas y del Consuelo
Cofradía del Santísimo Cristo de la Esperanza y el Trabajo y Nuestra Señora de la Misericordia
Hermandad Sacramental del Santísimo Cristo de los Desamparados y María Santísima de las Angustias
Hermandad y Cofradía de Ntro. Padre Jesús Resucitado y Ntra. Sra. de la Salud y el Perpetuo Socorro y San Diego de Alcalá
