La cofradía fue fundada en 1660, y se mantuvo activa de forma continuada hasta 1808. Reorganizada en 1829 perduró hasta 1936, aunque durante largos períodos de su existencia tan sólo organizó procesiones de forma esporádica. Tras la Guerra Civil fue la única que se mantuvo activa durante los primeros años de la posguerra, responsabilizándose de la organización de las procesiones de Semana Santa hasta que, a partir de finales de la década de 1940, comenzaron a resurgir algunas de las desaparecidas durante el conflicto bélico. Durante catorce años, entre 1977 y 1990, la cofradía no intervino en los desfiles procesionales, retornando a ellos primero con la imagen de la Virgen de la Esperanza en 1991 y, desde 1997, con la de ésta y la del Cristo.
La autorización para instituir la Cofradía es de 1660. Las primeras Ordenanzas fueron redactadas el día 6 de marzo de 1661. En 1665 el Papa Alejandro VII señala la fiesta de la Ascensión del Señor como fiesta propia de la Cofradía concediendo Indulgencia Plenaria a quienes visitaran el santuario en las fiestas de la Santa Cruz, San Juan Bautista, Natividad de Nuestra Señora, Ascensión del Señor y viernes inmediato. En 1945 se incorpora a la Cofradía la imagen de Nuestra Señora de la Esperanza