La Cofradía es fundada en 1988 por miembros de las peñas festivas de la ciudad. Aunque entre 1921 y 1931 uno de los pasos de la procesión del Viernes Santo fue una Flagelación donada por un benefactor anónimo, ésta no llegó a contar con cofradía propia, siendo la del Santo Entierro la que se encargaba del paso. En 2006 se incorpora a la Hermandad su titular mariana que sale a la calle por primera vez en 2007 realizando Estación de Penitencia en la S. e I. Catedral-Magistral. Desde 2008 realiza un Vía Crucis por las calles aledañas a su sede canónica con la imagen de Jesús Nazareno.